Tras el descenso a Preferente en 2004, vendría una crisis institucional, económica y deportiva por las deudas que el club contrajo por la negligente gestión del presidente Ángel Cabo, que dio la espantada.
A falta de cinco minutos para el cierre de inscripciones de los equipos nadie había “dado de alta” al Lenense. La rápida reacción de un grupo de socios evitó la desaparición de un club que tenía un agujero de casi 50.000 €.
Una valiente junta gestora formada por ex jugadores y aficionados tomó el mando, pero la desconfianza, la falta de apoyos y la economía “de guerra” terminó llevar al Lenense por motivos deportivos, y por primera vez desde su fundación, a la última categoría del fútbol asturiano, la Segunda Regional, tras un dramático partido en el campo de la Fundación Masaveu (06-07), pero al menos seguía vivo.
En la temporada 07-08 el Lenense terminó 3º en el grupo 4 y se clasificó para la fase de ascenso en la que fue apeado en la primera eliminatoria por el filial del Real Oviedo, el Vetusta.
