En la temporada 1989 – 1990 el Lenense descendería a Regional Preferente tras acabar decimoctavo.
Sería en 1992 cuando los de La Pola retornarían a Tercera, ganando por 2-0 a la Piloñesa en el último partido de Liga en «El Sotón», lleno hasta la bandera, para asegurarse la tercera plaza. Este tercer periplo por la última categoría nacional duraría tres temporadas.
Después de un lustro en Preferente, el Lenense cambiaría de categoría, pero, por primera vez, lo haría hacia abajo.
En una temporada 1999 – 2000 para olvidar, plagada de problemas extradeportivos, los verdiblancos terminaron colistas y descendieron a Primera Regional. Tuvieron que pasar diez años para que, tras culminar dos ascensos en tres años, el Lenense retornara a Tercera.
El 18 de mayo de 2003, los verdiblancos, que recibían en “El Sotón al Comercial, y el Tuilla, que jugaba en El Berrón, llegaban empatados a puntos a la última jornada, pero a los de Lena les valía el empate ante los de Tudela Veguín porque tenían el enfrentamiento particular ganado a los dinamiteros.
No hubo ningún suspense porque sobre un pesado césped, los de Tuñón se impusieron por un contundente 4-0.
Temporada 2000/ 2001. Ascenso a Regional Preferente
Arriba, de izquierda a derecha: Kiko, Javi Mesa, Adri (Cher), Rubín, Nachito y Abel. En el medio: Valdés (delegado), Monchu, Ramon, David, Luis Castañón (entrenador), Juanma Castañón, Toño, Michi y Domingo utilero). Sentados: Álvaro, Juanín Valdés, Hugo, Carlitos Castañón y Chicho
El mítico Pedro Luis, celebrando el ascenso a Tercera en 2003
Los convocados en el partido que sirvió para sellar el ascenso Tercera en 2003
De pie: Michi, David, Pedro Luis, Toño Rivero, Fidalgo, César, Fer y Nahum.
Agachados: Abraham, Cabo, Marcos Arregui, Guti, Roberto Morán, Tucu, Toño y Javi Sanchís
El Lenense sólo duraría sólo duraría una Liga en Tercera, la 2003 – 2004, en la que terminó como colista por primera vez en su historia. De esta temporada cabe destacar los primeros enfrentamientos oficiales con el Real Oviedo. En «El Sotón» los oviedistas se impusieron por 0-4 (los cuatro tantos, obra de Diego Cervero) y en el «Carlos Tartiere», los azules ganaron 5-0 en un choque que fue televisado en directo por TeleAviles.
Ficha e imagen de visita oficial del Real Oviedo a “El Sotón”
